적조방제에 황토를 사용하는 것을 놓고 해양수산부와 전라남도가 갈등을 빚고 있는 가운데 전라남도는 황토을 사용하지 않고 선박을 이용한 방제활동을 계속하고 있다.
전남해양수산과학원은 고밀도 적조가 발생해 양식생물의 피해가 예상되는 여수해역에 여수센터의 기술지도선과 어장정화선 등을 투입해 선박의 수류를 활용, 적조생물 방제 활동을 펴고 있다.
또 어업인들에게도 소형 어선을 이용해 어류양식장 주위를 선회하면서 물갈이 작업을 실시하고 산소발생기, 액화산소, 순환펌프 등도 활용토록 지도하고 있다.
특히 전남도는 25톤 급의 워터제트 방식의 기술지도선의 적조 방제효과가 입증됐다고 밝히고 어업인들에게 보유 중인 산소공급기와 선박을 충분히 활용해 적극적이고 능동적인 적조 예방활동을 당부했다.
그러나 아직까지 황토 사용을 요구하는 어민들이 많고 해수부도 황토사용을 압박하고 있는 상태에서 전라남도의 수류를 이용한 적조방제활동이 실패해 피해가 발생할 경우 책임론 공방으로 한차례 홍역을 치를 우려가 제기되고 있다.